Vilniaus Santariškių konsultacinis mokymo centras yra trikalbė gimnazijos tipo mokymo įstaiga. Jame mokoma lietuvių, rusų ir lenkų kalbomis. Svarbiausia veiklos sritis – pradinis, pagrindinis ir vidurins ugdymas. Išsilavinimo pažymėjimų centras neišduoda.
Ugdymo tvarka centre reglamentuojama Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministro ir Lietuvos Respublikos sveikatos apsaugos ministro įsakymu „Dėl vaikų mokymo gydymo įstaigose tvarkos patvirtinimo“, Lietuvos Respublikos Švietimo ir mokslo ministerijos Bendrojo lavinimo mokyklų bendraisiais ugdymo planais.
Mokytojai dirba ligoninės skyriuose, kuriuos paskiria centro vadovas mokslo metų pradžioje. Dažniausiai mokytojai lieka dirbti tuose pačiuose skyriuose, kuriuose dirbo ankstesniais mokslo metais.
Besigydančių mokinių mokymo pradžia – rugsėjo 1 d., pabaiga – gegužės 31 d. (moksleivių atostogas nusatato Lietuvos Respublikos Švietimo ir mokslo ministerija. Centre mokoma 5 dienas per savaitę – nuo pirmadienio iki penktadienio. Mokymo centro kontingentas – minėtose medicinos įstaigose gydąsi mokiniai.
Mokymas pradedamas organizuoti gavus gydančio gydytojo ir skyriaus, kuriame gydomas vaikas, vedėjo raštišką leidimą. Kiekviename ligoninės skyriuje yra kuratorius, atsakingas už besigydančių moksleivių duomenų registravimą skyriaus žurnale. Taip informuojami mokytojai apie mokytinus moksleivius. Ugdymas vyksta grupėmis ir individualiai.
Grupėmis mokinai mokomi specialiai tam skirtose vietose, o nevaikščiojantys – palatose. Mokinių žinios, gebėjimai ir įgūdžiai vertinami 10 balų sistema. Pradinių klasių moksleiviai vertinami taip, kaip buvo vertinami savo mokykloje iki susirgimo. Skyriaus kuratorius, gavęs leidimą mokyti mokinį, duoda jam centro patvirtintą pažymą, į kurią mokytojai rašo dalykų mokymosi rezultatus. Už pažymų paruošimą atsakingas vyr. kuratorius. Pažymas išrašo skyrių kuratoriai. Baigus gydymą, pažyma tvirtinama centro direktoriaus. Šią pažymą mokinys pristato savo mokyklai. Centre mokoma šių dalykų: lietuvių kalbos ir literatūros, rusų kalbos ir literatūros, lenkų kalbos ir literatūros, kitų užsienio kalbų, istorijos, matematikos, informatikos, ekonomikos, chemijos, fizikos, geografijos, biologijos, dorinio ugdymo (religijos ir etikos). Meninis ugdymas integruojamas į neformalųjį ugdymą. Mokinai aprūpinami vadovėliais iš centrui priklausančios bibliotekos arba naudojasi atsivežtais iš namų.
