2015 m. rugsėjo pirmąją mokykla atvertė naują savo istorijos puslapį – ji pertvarkyta į progimnaziją ir pasivadino Vilniaus Maironio progimnazijos vardu.
Mokykla buvo atidaryta 1979 m. rugsėjo 1d. Pirmuosius metus tai buvo dvikalbė lietuvių – rusų 48-oji vidurinė mokykla. 1980 m., įsteigus 49-ąją (dab. Sofijos Kovalevskajos) vidurinę mokyklą, 48-oji vidurinė tapo lietuviška. 1988 m. joje mokėsi net 2050 mokinių, todėl 1990 m. dalis mokyklos mokinių ir mokytojų perėjo į 65-ąją (dab. Ozo gimnazija) vidurinę mokyklą. 1994 m. 48-oji vidurinė mokykla, kaip pirmoji mikrorajone įkurta, buvo pavadinta Šeškinės vidurine mokykla.
Per 35-erius gyvavimo metus mokykloje susibūrė darnus kompetentingų mokytojų kolektyvas, pasižymintis darbštumu, nuoširdumu ir dėmesingumu vaikams. Tai viena iš 27 Lietuvos mokyklų, turinti UNESCO Asocijuotosios mokyklos vardą, vykdanti įvairius darnaus vystymosi, kultūros ir gamtos paveldo projektus. Kiekvieno asmeninis tobulėjimas ir tolerancija, atsakomybės, pilietiškumo, kūrybiškumo ugdymas – prioritetai, kuriais vadovaujamasi mokykloje.
Rugsėjo pirmosios šventės pradžioje mokyklos direktorius Antanas Kalinauskas ir mokyklos tarybos pirmininkas Vytautas Mačeika atidengė naują Vilniaus Maironio progimnazijos lentelę
